Teniendo a la bahía a la vista, ante de los españoles apareció un ejército muy numeroso de indios dispuestos a guerrearlos, era tal la multiplicidad de banderas que portaban, que el comandante español Francisco Cortés de Buenaventura se intimidó, según el relato de Fray Antonio Tello, al ver esto sus capitanes más osados le dijeron que debían mostrar también sus banderas para que vieran los indígenas que no les temían. Los españoles entonces mostraron sus estandartes entre los que llevaban uno de la virgen de Guadalupe.
Encomendado por su tío, el Capitán General de la Nueva España, Don Hernán Cortés, su sobrino, Francisco Cortés de Buenaventura partió de la puebla de colima en el año de 1525 para conquistar territorios para la corona española.
En su fatídica expedición no encontró las promesas de oro que buscaban y tras varios meses de viaje fueron guerreados en Xalisco y más adelante, recibidos amistosamente en Tepic. El conquistador decide regresar bordeando la costa hacia Colima, en el camino se topa con una bahía cuyos pueblos están dispuestos a guerrearlo. Es teniendo a la vista aquél espectáculo de banderas de guerra que los españoles deciden nombraron a la bahía como Bahía de Banderas.
Cuenta Fray Antonio Tello en su “Crónica Miscelánea de la Sancta Provincia de Xalisco,” que los indígenas se rindieron al ver una luz que reflejaba el estandarte de la virgen de Guadalupe, sin embargo, José Miguel Romero Solis en su libro “El Conquistador Francisco Cortés, Reivindicación de un Cobarde”, cita brevemente el hecho de los combates entre españoles e indígenas en Bahía de Banderas: “Diego de Coria -escribano de la expedición-remite a los combates sostenidos con los naturales de este valle”, la referencia es valiosa porque desmiente la versión de Fray Antonio Tello.
El uso de banderas en los ejércitos prehispánicos no era nuevo, una primera muestra de esto se encuentra en la representación del dios del Maíz de los Aztecas, el cual porta una bandera en la mano que lo identifica.
En los códices Aztecas que se han conservado hasta nuestros días es posible ver a los guerreros del ejército que según su rango militar, portan una bandera de determinadas características, como se puede apreciar en el códice Mendoza. Sin embargo la diferencia es que la bandera no la portan con las manos, sino pegada al cuerpo en la espalda. Para cada rango hay una bandera específica y solos los guerreros águila y tigre por ser los más valerosos e importantes portaban un traje en alusión al animal que los distinguía y no portaban esta insignia. Las banderas por lo tanto, es muy probable que hicieran referencia al grado militar del indígena que la llevaba, así pues, eso fue lo que vieron los españoles en los indígenas de la Bahía de Xiutla, no eran al parecer, otra cosa que los grados de los diversos oficiales y comandantes del ejército prehispánico dispuesto a la guerra. Los pueblos originarios de Xiutla eran buenos tejedores de plumas, por lo que es de suponerse que eran de este material las banderas, que mientras más vistosas, correspondían a un mayor rango.
Es muy probable que teniendo a la vista al ejército indígena del Valle de Xiutla, Francisco Cortés de Buenaventura se haya intimidado, pues ya antes los episodios de su flaqueza habían quedado registrados en los relatos de la tropa. Escribe José Miguel Romero Solis en “El Conquistador Francisco Cortés, Reivindicación de un Cobarde” que estando el capitán ante una multitud de enemigos, “desmayó y hizo una plática bien cobarde a todos los soldados […] y oyendo estas palabras de un Capitán que tantos y buenos caballeros y soldados tenía consigo, se afrentaron, y mirándose unos a otros se rieron, aunque muy corridos de oír tal cobardía, y luego Ángel de Villafaña, valiente caballero, habló por todos, diciendo: Señor Capitán, ¿ahora es tiempo de decir esas razones y desmayar?¿Qué cosa es volver las espaldas a tal vil gente? ¡No muestra Vuestra Merced ser Cortés! Si quiere Vuestra Merced volverse, vuélvase, que por vida de Ángel de Villafaña, que han de decir; “Aquí los mataron peleando”, y no han de decir: “Aquí los mataron huyendo.”
Es al llegar el ejército español a la Bahía de Xiutla, que los capitanes ibéricos viendo intimidado a Francisco Cortes de Buenaventura le piden mostrar también ellos sus banderas y es entonces que, ondean a los indígenas entre otros, estandartes el de la Virgen de Guadalupe, pero lejos de rendición, los nativos cargaron contra los españoles, ahí se iba a librar una cruenta batalla.